Leta 1662 se je Wolfgang Stubenberški iz Cmureka odločil, da bo k cerkvi svete Trojice v Slovenskih goricah povabil redovnike. Vzroki za to odločitev še vedno niso povsem raziskani, a poglavitni razlog naj bi bila želja admontskega opata Rajmunda Rechlinga, da se številnim romarjem, ki so že množično romali k sv. Trojici, pridružijo še novi romarji iz oddaljenejših krajev. Omenjeni opat je imel patronatsko pravico nad župnijo sv. Lenarta, kateri je bila sv. Trojica podrejena. Bilo je tudi nekaj pravnih zapletov med opatom in grajskim gospodom Wolfgangom, ki je k sv. Trojici najprej povabil ptujske dominikance. Ti so njegovo povabilo zavrnili. Zato se je 13. decembra 1662, obrnil na avguštince, ki so pozitivno odgovorili že 29. decembra. Admontskemu opatu Rechlingu to ni bilo po volji in je vložil pritožbo na notranjeavstrijsko vlado. Navedel je argument, da se ima gospod Stubenberg za patrona in odvetnika nove trojiške cerkve, čeprav je zanjo prispeval le zemljišče. V izčrpni obrazložitvi pritožbe je še izpostavil, da so cerkev na hribu, ki ga domačini imenujejo »Grädisch«, v cmureškem urbarju pa je imenovan »Purggstallberg«, na stubenberškem zemljišču zgradili lenarški župljani izključno z darovi ter jo tudi opremili z oltarji, kelihi, liturgičnimi oblačili, srebrnimi svečniki in nekaj zemlje. Na koncu so spor kar dobro rešili.

Prva avguštinska redovnika sta k Sveti Trojici prispela 14. februarja 1663. Sprejel ju je eden od mlajših Wolfgangovih sinov, Janez Stubenberški in jima izročil cerkvene ključe. To je povzročilo novi pravni spor, saj predaje cerkve ne bi smela opraviti posvetna oseba in zato je salzburški nadškof avguštincem prepovedal prevzem cerkve. Kot je zapisal mag. Oskar Habjanič iz Pokrajinskega muzeja Maribor, je bil ta spor razrešen šele po dveh letih. Stubenberg je menihom poleg cerkve predal tudi cerkveno posest (temporalia) in ključe bližnje hiše. Škof Maksimilijan Gandolf je cerkev ponovno posvetil 17. aprila 1667. 5. aprila 1667 sta Wolfgang Stubenberški in njegova soproga Ana Krescencija izdala ustanovno listino, s katero sta avguštincem podarila cerkev Svete trojice s posestmi, zemljišče na drugi strani ceste za gospodarsko poslopje in vrt, hišico pod stopnicami in vsakoletno donacijo lesa iz svojih gozdov. Avguštinci so se obvezali, da bodo v zameno brali peto mašo ob obletnicah smrti, tedensko mašo za pokojne člane rodbine Stubenberg in zmolili očenaš za živeče Stubenberge po vsaki pridigi. Ustanovna donacija je bila dokaj skromna, ocenjujejo zgodovinarji, saj cerkev ni bila zgrajena s stubenberškimi sredstvi. Za nameček so Stubenbergi kasneje prodali še gozdove, tako da trojiški avguštinci nikoli niso prejeli obljubljenega lesa.

Avguštinski samostan v Sv. Trojici je sprva deloval kot podružnica graškega avguštinskega samostana. Prva meniha sta bila Jožef Prein in Tomaž Paullin. Samostan se je lepo razvijal, maše v cerkvi pa naj bi bile tako v slovenskem kot seveda v nemškem jeziku. Leta 1669 je trojiški avguštinski samostan postal samostojen. Med leti 1665 in 1679 je bilo v Sv. Trojici branih 4810 svetih maš, ki se jih je udeležilo 137.170 vernikov. Romanja so vse bolj cvetela, romarji so prihajali v glavnem iz dežele Štajerske, največ iz celotnih Slovenskih goric in iz bližnjega Prekmurja. V kasnejših letih je samostanska skupnost ostajala približno enako velika. Leta 1692 so uspeli dograditi samostan in takrat je v njem domovalo šest patrov in dva brata laika. Pri gradnji mogočnega poslopja so veliko pomagali negovski grofje Trauttmansdorffi. Njihov simbol vrtnice je neposredo nad vhodom v samostan, kjer je lepo vidna letnica 1692. Trauttmansdorffi so bili branitelji krščanstva pred islamom, vrtnica pa od nekdaj velja za kraljico rož in je tradicionalni simbol ljubezni in lepote. V okviru reform cesarja Jožefa II. je bil trojiški avguštinski samostan dokončno razpuščen oktobra 1787 leta. To je bil takrat eden najrevnejših samostanov na Štajerskem, saj je ob zaprtju imel samo nekaj vinogradov. Leto poprej, torej 1786, je bila ustanovljena samostojna župnija sv. Trojica, ki se je ločila od lenarške in je začela samostojno župnijsko uradovanje na velikonočno nedeljo tega leta. Župnija pa ni bila najbolje vodena, zato so leta 1854 prišli v samostan bratje frančiškani, ki jih je vodil modri gvardijan Gelazij Rojko. Frančiškani še danes zgledno upravljajo z župnijo in skrbijo za neprecenljivo kulturno dediščino sredi Slovenskih goric.